阜阳市医药科技工程学校始建于1964年，先后举办安徽省旧县农技校、太和五七干校、太和五七大学、太和师范、太和旧县高中、太和农中、太和县第一职业高级中学（太和县医药管理学校）、阜阳市医药科技工程学校。1993年被评为阜阳地区重点职业高中，1995年被评为安徽省重点职业高中，2005年被评为安徽省示范中等职业学校，2008年通过安徽省示范中等职业学校复评，2015年6月被阜阳市人民政府批准改制为公办全日制普通中专学校，2020年4月被安徽省教育厅列入省级特色示范中等职业学校重点建设学校。2020年12月通过安徽省教育厅中等职业教育B类办学水平评估。

系安徽省示范中等职业学校、安徽省现代农业职教集团理事单位、安徽省贫困地区劳动力转移培训基地。学校现有两个校区，占地面积317.46亩，建筑面积137275.4㎡，实验实训设备总价值2085.73万元。学校现有教职工202人，其中在编在岗164人，返聘1人，校聘专任教师19人，兼职教师18人，折合专任教师191人，专业课教师102人，双师型教师77人，高级讲师59人。现有62个教学班，全日制在校生3793人。学校现有图书资源总量13.35万册，报刊杂志128种，16个校内外实习实训基地；学校有集实验、实训、演示、交流、比赛、生产、研发于一体面积达4200多平方米的实训楼和1692平米的实训车间，包括6个微机室、录播室、形体室、理实一体化教室、11个汽车实训室、12个医药专业实训室等；2022年，投入199.26万元购置汽修专业实训设备、投入148.40万元购置医药农牧专业实训设备、投入198.84万元进行数字化建设、投入77.33万元进行智慧教室建设，极大地改善了学校的办学条件。
     学校先后被评为“全国零犯罪学校”、“全国国防教育先进校”“安徽省文明单位”、“全省书法教育示范校”、“阜阳市平安校园”、“阜阳市职业教育先进单位”等。学校坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，坚持面向市场，面向生产一线，服务地方经济和社会发展。积极对接太和县现代医药、绿色新能源、发艺文化、工业滤布等支柱产业，围绕“学校创品牌，教师养品味，学生修品能”的办学目标，以“品能教育”为依托，深化产教融合、校企合作和工学结合，培养具有综合职业能力的应用型、技能型、创新型中等技术人才。
    学校以“品能教育”为依托，实施“三进教学”模式，即企业进校园、师傅进课堂、学生进车间；积极开展现代学徒制；实施中高职衔接人才培养，先后与阜阳职业技术学院、六安职业技术学院、安徽省林业职业技术学院联合举办“3+2”五年一贯制大专班；加强思想道德建设，形成了安全系列教育、国防教育、传统文化进校园等特色办学模式。
    学校制定了“13456”行动计划统领各项工作。“1”即一个目标：全市一流、全省领先；“3”即三层共进：招生、就业、升学齐头并进；“4”即打造四类课型：文化课做“实”，专业课做“精”，实训课做“品”，校本课做“特”；“5”即抓好五项建设：活力科室、和谐教研组、魅力年级组、美丽班级、班级生态小组；“6”即夯实六项工程：师生健康工程、教学质量工程、读书工程、校园文化建设工程、信息化建设工程、高效课堂建设工程。