安徽中医药高等专科学校前身是始建于1960年的“芜湖市中医学校”。2001年，学校独立升格并于次年经教育部批准，在全国同类院校率先更名为“安徽中医药高等专科学校”。

为整合卫生教育资源，壮大学校实力，2006年，市政府将芜湖市中医医院成建制划归学校作为直属附属医院；2012年，附属市牙病防治所成功创建附属口腔医院（芜湖市口腔医院）。

学校现为教育部中医药职业教育教学指导委员会副主任委员单位、中华中医药学会治未病分会副主任委员单位、世界中医药学会联合会亚健康专业委员会、药膳食疗研究专业委员会副会长单位、安徽省中医药现代化研究会理事长单位。

学校占地面积997亩，总建筑面积29.7万平方米，现有医疗系、药学系、康复保健系、护理系、口腔医学系及基础教学部、思想政治理论课教学研究部等教学系部,开办中医学、中医骨伤、针灸推拿、中药学、药学、护理、中医健康管理、中医养生保健（含中医养生旅游方向）、医学美容技术、口腔医学、口腔医学技术、康复治疗技术等31个专科专业及专业方向，全日制专科在校生近9000人。

学校共有专任教师530人，其中，副高以上专业技术人员181人，具有研究生学历人员184人。学校下辖2所直属附属医院、 1个安徽中药资源研究所、1个天然药用植物园和9所非直属附属医院及稳定的实习基地120多家。

学校附属中医医院（芜湖市中医医院）创立于1958年，在中医界素有“江南中医一枝花”的美誉，为“全国首批示范中医院”、“国家三级甲等中医医院”；学校附属口腔医院为二级专科医院，其前身是1956年成立的芜湖市牙病防治所，是目前皖南地区规模最大的口腔专科医院。