1958年7月，为加快安徽建设，改变皖北地区人民群众缺医少药的局面，国家决定由原上海第二医学院（现上海交通大学医学院）援建创立蚌埠医学院。

学校现为安徽省省属普通高等医学院校，是国家首批具有学士和硕士学位授予权单位、国家首批卓越医师教育培养计划试点高校、国家首批大学生创新创业训练计划试点高校、国家首批临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校、教育部硕士研究生推免高校、安徽省高校综合改革首批试点单位、安徽省院士工作站和博士后岗位设置单位，是暨南大学、陆军军医大学博士研究生联合培养单位。

学校是国家级大学生创新创业实践基地和国家级大学生校外实践教育基地，教育部临床医学“5+3”改革试点高校。学校坚持“以医为本、以本为本、以生为本、以质为本”办学理念，现拥有医学、理学、工学、管理学、教育学5个学科门类，29个本科专业，全日制在校本科生12599名，硕士研究生1732名（含留学生）；有6个一级学科硕士学位授权点和5个硕士专业学位授权类别；临床医学学科进入ESI全球排名前1%。

学校拥有1个国家级特色专业、1个国家级综合改革试点专业、1个国家级临床教学培训示范中心、3个国家级一流本科专业建设点、8个省级一流本科专业建设点，10个省级特色（品牌）专业，11个省级综合改革试点专业。学校始终坚持社会主义办学方向，贯彻党的教育方针，落实“立德树人”根本任务，把社会主义核心价值观贯穿于教育教学全过程。

近年来，涌现出“最美列车女孩”林雪、路边救助突发心脑血管疾病老人的薛帅帅、冲下公交施救路边昏倒老人的计星胜、路遇伤者积极施救的周青、“最美列车教师”张静、安徽省道德模范闻仲等众多感动社会的先进人物。中央电视台多次专题报道，引发社会强烈反响，多名师生入选“安徽好人”。